XII. Hereditární nádorové syndromy

XII/ 212. DETEKCE KAUZÁLNÍCH VARIANT U HEREDITÁRNÍCH NÁDOROVÝCH SYNDROMŮ KOMBINACÍ METOD NGS A DIGIMLPA

BLAHÁKOVÁ I.^1,2, TRIZULJAK J.¹, MEJSTŘÍKOVÁ S.^1,2, VRZALOVÁ Z.², DOUBEK M.^1,2, POSPÍŠILOVÁ Š.^1,2

¹Interní hematologická a onkologická klinika LF MU a FN Brno, ²CEITEC, MU Brno

Východiska: Předpokládá se, že asi 10 % nádorových onemocnění je zapříčiněno vrozenou predispozicí. Toto číslo však nemusí být konečné, neboť s rozvojem technologie sekvenování nové generace (NGS) se stále nacházejí další geny asociované s nádorovými onemocněními. Z detekovaných kauzálních variant jsou nejčastější jednonukleotidové záměny (SNV) a malé delece nebo duplikace. V menší míře bývají přítomny také rozsáhlejší genové aberace, pro jejichž záchyt je vhodná např. analýza variant v počtu kopií (CNV) pomocí NGS, dále metoda MLPA či nově digiMLPA (digitální MLPA). Soubor pacientů a metody: Pomocí NGS panelu BRONCO, který zahrnuje 296 genů asociovaných s dědičnými nádorovými predispozicemi, jsme analyzovali celkem 660 pacientů; 412 pacientů s podezřením na syndrom dědičného karcinomu prsu a ovarií (HBOC) a 248 pacientů s jinými nádorovými onemocněními (Lynchův syndrom aj.). Nově zavedenou metodou digiMLPA (D001; hereditary cancer panel 1) jsme doposud analyzovali 75 pacientů z obou výše zmíněných skupin. Výsledky: U HBOC pacientů jsme patogenní variantu prokázali v 80 případech (19 %), u ostatních jsme patogenní variantu nalezli ve 33 případech (13 %). Pomocí metody digiMLPA jsme detekovali dvě genové aberace (2,7 %). V prvním případě se jednalo o deleci 2. exonu genu BRIP1, což bylo také potvrzeno CNV analýzou. Ve druhém případě jsme identifikovali deleci genu CHEK2. CNV analýza tohoto pacienta prokázala rozsáhlou deleci zahrnující kromě CHEK2 také několik přilehlých genů. Po provedení komparativní genomové hybridizace (aCGH) byl upřesněn rozsah delece na 22. chromozomu zahrnující oblast 22q12.1–22q12.3. Závěr: Kromě detekce patogenních variant v genech doporučených pro testování (dle NCCN), nalézáme patogenní varianty i v dalších genech, které mohou s diagnózou pacienta souviset (nejčastěji jde o geny zapojené do DNA reparačních drah). Pro interpretaci takových variant je vždy nutná úzká spolupráce s klinickým genetikem s ohledem na diagnózu a rodinnou anamnézu pacienta. DigiMLPA je přínosným doplněním analýzy NGS u pacientů s podezřením na dědičné nádorové syndromy. Metoda detekuje rozsáhlé genové aberace a současně ověřuje nálezy detekované CNV analýzou pomocí NGS.

Tato práce vznikla za podpory projektu A-C-G-T, reg. č. CZ.02.1.01/ 0.0/ 0.0/ 16_026/ 0008448 financovaného z EFRR a projektu MZČR – RVO FNBr 65269705.