Možnosti a využití inovované kvantitativnífluorescenční PCR (IQFPCR) v analýze genetickéhomozaicizmu pomocí gonozomálních sekvencí
Možnosti a využití inovované kvantitativnífluorescenční PCR (IQFPCR) v analýze genetickéhomozaicizmu pomocí gonozomálních sekvencí
Východisko.
Kvantifikace fluorescenčně značených PCR produktů na kapilární elektroforéze (QF PCR) má svélimity především v citlivějších analýzách, ve kterých je potřebné zachytit minoritní buněčnou linii a rozpoznat malézměny v závislosti na čase. V těchto případech může být chyba měření a reprodukovatelnost výsledků velmiovlivněna hlavně lidským faktorem a efektivitou PCR. Hlavním cílem studie bylo posoudit a optimalizovat kvantitativnímožnosti inovované QF PCR s přímou návazností na kvantifikaci Y sekvencí u gonozomálních mozaik.Metody a výsledky. Arteficiálně vytvořené Y/X DNA mozaiky byly testovány a kvantifikovány inovovanou QFPCR, která nahrazuje a rozšiřuje real-time PCR.Na základě porovnání intenzity fluorescence PCR produktů po jednotlivých cyklech byly sestrojeny grafy nárůstufluorescence pro různá ředění. Analýzou podílu signálu vnitřní kontroly a příslušné mozaiky byla sestrojenakalibrační křivka pro kvantifikaci Y sekvencí. Pro výpočet vzácných mozaik byl sestaven empirický vzorec.Závěry. Rozšíření QF PCR o manuální real-time PCR eliminuje meze QF PCR a zpřesňuje kvantifikační analýzyzaložené na PCR. Novelizovaný DNA diagnostický přístup – IQF PCR, který se vyznačuje vysokou citlivostía přesností, umožňuje významný posun v analýze gonozomálních Y/X mozaik.
Klíčová slova:
gonozomální mozaicizmus, kapilární elektroforéza, kvantifikace DNA, real-time PCR, QF PCR.
Prospects and Applications of Innovated Quantitative Fluorescent PCR (IQFPCR) in Analyses of Genetic Mosaics Using Gonosomal Sequences
Background.
Quantification of fluorescence labelled PCR products on capillary electrophoresis (QF PCR) has limitsprimarily in the possibility of more sensitive analyses to detect minority cell lines and small time related variations.PCR efficiency and human factor affect measuring error and reproducibility of results in these cases. The aim of thiswork was to assess and optimise of innovated (I)QF PCR in quantification of Y sequences in gonosomal mosaics.Methods and Results. Artificially prepared Y/X mosaics were tested and quantified by IQF PCR, which replacesreal-time PCR. Comparison of relative fluorescence to PCR cycles in different Y/X dilutions was plotted on thegraphs. Calibration curve for Y sequences quantification was set by the analyses of ratio of Y/X fluorescent signals.An empirical formula was created for the rare mosaic calculation.Conclusions. QF PCR refined by manual real-time PCR eliminates limits of QF PCR and specifies quantitativeanalyses based on PCR. The outstanding feature of IQF PCR is its high sensitivity and accuracy in quantification ofY/X gonosomal mosaics.
Key words:
gonosomal mosaicism, capillary electrophoresis, DNA quantification, real-time PCR, QF PCR.
Autoři:
R. Vodička; R. Vrtěl; L. Dušek 1; D. Švábová; J. Šantavý
Působiště autorů:
Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny LF UP a FN, Olomouc 1Centrum biostatistiky a analýz LF a PřF MU, Brno
Vyšlo v časopise:
Čas. Lék. čes. 2004; : 385-388
Kategorie:
Články
Souhrn
Východisko.
Kvantifikace fluorescenčně značených PCR produktů na kapilární elektroforéze (QF PCR) má svélimity především v citlivějších analýzách, ve kterých je potřebné zachytit minoritní buněčnou linii a rozpoznat malézměny v závislosti na čase. V těchto případech může být chyba měření a reprodukovatelnost výsledků velmiovlivněna hlavně lidským faktorem a efektivitou PCR. Hlavním cílem studie bylo posoudit a optimalizovat kvantitativnímožnosti inovované QF PCR s přímou návazností na kvantifikaci Y sekvencí u gonozomálních mozaik.Metody a výsledky. Arteficiálně vytvořené Y/X DNA mozaiky byly testovány a kvantifikovány inovovanou QFPCR, která nahrazuje a rozšiřuje real-time PCR.Na základě porovnání intenzity fluorescence PCR produktů po jednotlivých cyklech byly sestrojeny grafy nárůstufluorescence pro různá ředění. Analýzou podílu signálu vnitřní kontroly a příslušné mozaiky byla sestrojenakalibrační křivka pro kvantifikaci Y sekvencí. Pro výpočet vzácných mozaik byl sestaven empirický vzorec.Závěry. Rozšíření QF PCR o manuální real-time PCR eliminuje meze QF PCR a zpřesňuje kvantifikační analýzyzaložené na PCR. Novelizovaný DNA diagnostický přístup – IQF PCR, který se vyznačuje vysokou citlivostía přesností, umožňuje významný posun v analýze gonozomálních Y/X mozaik.
Klíčová slova:
gonozomální mozaicizmus, kapilární elektroforéza, kvantifikace DNA, real-time PCR, QF PCR.
Štítky
Adiktológia Alergológia a imunológia Angiológia Audiológia a foniatria Biochémia Dermatológia Detská gastroenterológia Detská chirurgia Detská kardiológia Detská neurológia Detská otorinolaryngológia Detská psychiatria Detská reumatológia Diabetológia Farmácia Chirurgia cievna Algeziológia Dentální hygienistkaČlánok vyšiel v časopise
Časopis lékařů českých
- Metamizol jako analgetikum první volby: kdy, pro koho, jak a proč?
- Fixní kombinace paracetamol/kodein nabízí synergické analgetické účinky
- Kombinace metamizol/paracetamol v léčbě pooperační bolesti u zákroků v rámci jednodenní chirurgie
- Tramadol a paracetamol v tlumení poextrakční bolesti
- Antidepresivní efekt kombinovaného analgetika tramadolu s paracetamolem
Najčítanejšie v tomto čísle
- Gilbertův syndrom – mýty a realita
- Význam mírné hyperhomocysteinémie pro vnitřnílékařství
- Monoklonální gamapatie v souboru 1683 dárcůplazmy
- Možnosti a využití inovované kvantitativnífluorescenční PCR (IQFPCR) v analýze genetickéhomozaicizmu pomocí gonozomálních sekvencí