Analysis of Free Foetal DNA in Maternal Plasma Using STR Loci

České info

Analýza volné fetální DNA v maternální plazmě s využitím STR lokusů

Východisko.
Problematika rozlišení genotypů matky a plodu v maternální plazmě těhotných žen je v současnosti řešena většinou pomocí real-time systémů. V těchto případech je rozpoznání genotypů možné použitím specifických sond, rozlišující jednotlivé genotypy. Nejčastější možnost se nabízí u gonozomálních sekvencí, kdy plod je mužského pohlaví. Tato práce popisuje možnosti detekce a kvantifikace fetální DNA pomocí analýzy STR lokusů.

Metody a výsledky.
K testování kvantifikačních možností kapilární elektroforézy (KE) byly použity arteficiální směsi genotypů v rozsahu 0,2 % - 100 %, které imitují genotyp matky a plodu. K detekci fetální DNA v maternální plazmě bylo použito 27 vzorků DNA těhotných žen v různém týdnu gravidity (t.g.). Genotyp plodu byl potvrzován genotypizací biologického otce. Detekce byla prováděna v STR lokusech z 21. chromozómu z oblasti zodpovědné za Downův syndrom (DS) metodikou inovované (I)QF PCR, která umožňuje zachytit a kvantifikovat i velmi vzácné mozaiky. Kvantifikace STR lokusů na KE byla posouzena na arteficiálních mozaikách a rozlišitelnost jednotlivých mozaik byla na úrovni několika procent. Fetální DNA byla detekována u 74 % testovaných vzorků.

Závěry.
Využití IQF PCR ke kvantifikaci a rozlišení maternálního a fetálního genotypu pomocí STR lokusů by mohlo mít význam v neinvazivní prenatální diagnostice jako další možný marker pro výpočet rizika DS.

Klíčová slova:
volná fetální DNA, kvantifikace STR, QF PCR.

Authors: R. Vodička; R. Vrtěl; M. Procházka ¹; A. Šantavá; L. Dušek ²; D. Vrbická; R. Singh; E. Krejčiříková; E. Schneiderová; J. Šantavý
Authors place of work: Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny FN, Olomouc ; Gynekologicko-porodnická klinika FN, Olomouc ¹; Centrum biostatistiky a analýz LF MU, Brno ²
Published in the journal: Čas. Lék. čes. 2006; 145: 133-137
Category: Original Article

Summary

Background.
Problems of maternal and foetal genotype differentiation of maternal plasma in pregnant women are solved generally by real-time systems. In this case the specific probes are used to distinguish particular genotype. Mostly gonosomal sequences are utilised to recognise the male foetus. This work describes possibilities in free foetal DNA detection and quantification by STR.

Methods and Results.
Artificial genotype mixtures ranging from 0,2 % to 100 % to simulate maternal and paternal genotypes and 27 DNA samples from pregnant women in different stage of pregnancy were used for DNA quantification and detection. Foetal genotype was confirmed by biological father genotyping. The detection was performed in STR from 21st chromosome Down syndrome (DS) responsible region by innovated (I) QF PCR which allows to reveal and quantify even very rare DNA mosaics. The STR quantification was assessed in artificial mixtures of genotypes and discriminability of particular genotypes was on the level of few percent. Foetal DNA was detected in 74 % of tested samples.

Conclusions.
The IQF PCR application in quantification and differentiation between maternal and foetal genotypes by STR loci could have importance in non-invasive prenatal diagnostics as another possible marker for DS risk assessment.

Key words:
free foetal DNA, STR quantification, QF PCR.

Štítky

Addictology Allergology and clinical immunology Angiology Audiology Clinical biochemistry Dermatology & STDs Paediatric gastroenterology Paediatric surgery Paediatric cardiology Paediatric neurology Paediatric ENT Paediatric psychiatry Paediatric rheumatology Diabetology Pharmacy Vascular surgery Pain management Dental Hygienist

Článek Cholesterol, Violence and Suicidality – History of Errors

Článek HLA-DPB1 Gene Analysis in Haematopoietic Stem Cell Transplantations

Článek Prenatal Diagnostics of Tuberous Sclerosis Based on Causal Mutation Knowledge

Článek Increased Risk of Malignancies in Heterozygotes in Families of Patients with Nijmegen Breakage Syndrome

Článek Association of Polymorphic Variants in Endothelin-1 (EDN1) Genes with the Therapy of Patients with Cutaneous T-cell Lymphomas

Článek Pharmacogenetics of Chronic Heart Failure – Beta Blockers

Článek Consultation Activity of Two Slovak Centres for Pharmacotherapy During Pregnancy and Lactation

Článek Recurrent Peripheral Arterial Embolism from Metastatic Lung Choriocarcinoma

Článek History of Medical Genetics in the Czech Republic

Článek Hypertrophic Cardiomyopathy

Článek Frequentational View on the Genome Changes Testing

Článek New Approaches to Haemophilia Treatment – Recombinant and Transgenic Concentrates, Gene Therapy and Engineered Coagulation Factors