Analýza genomu B-CLL pacientů pomocí array CGH

B-buněčná chronická lymfocytární leukémie (B-CLL) je stejně jako většina nádorů provázena abnormalitami genomu nádorových buněk (delece, amplifikace úseků DNA, případně přestavby chromozomů). Některé změny jsou nádorově specifické a jsou jednou z příčin vzniku onemocnění, jiné vznikají sekundárně v důsledku neregulované proliferace buněk, u kterých selhaly opravné mechanismy. Znalost těchto aberací má velký význam pro určení prognózy i výběr odpovídající léčby.

Změny počtu kopií úseků DNA lze detekovat pomocí srovnávací genomové hybridizace (CGH), fluorescenční cytogenetické techniky, která mapuje tyto odchylky na metafázních chromozomech. Zavedení metody srovnávací genomové hybridizace založené na principu microarrays umožnilo přesnou detekci a kvantifikaci genomových aberací přímo ze sekvence lidského genomu. Microarrays s dlouhými oligonukleotidy jsou nejvíce flexibilní a v případě přítomnosti sond reprezentujících celý genom jsme s jejich pomocí schopni přesně detekovat změny jedné kopie úseku DNA, na rozdíl od microarrays založených na bakteriálních arteficiálních chromozomech (BAC) a komplementární DNA (cDNA).

Pomocí microarrays s dlouhými oligonukleotidy jsme vyšetřili vzorky pacientů s B-CLL, u kterých byla dříve provedena cytogenetická analýza. Naše analýza nejenže potvrdila výsledky analýzy cytogenetické, ale našla i aberace, které nebyly při vyšetření FISH zaměřeném na soubor aberací standardizovaný pro danou diagnózu odhaleny.

Práce na tomto projektu je podporována grantem IGA MZ ČR 8448-3/2005, výzkumným záměrem MŠMT ČR MSM0021622430 a NF Elpida Nucleus.